特殊技能的获取是推进游戏进程与深化战术层次的核心环节。这些技能通常被称为秘传机器技能，它们不仅能在战斗中发挥特定效用，更关键的作用在于帮助玩家清除地图上的障碍，从而探索更为广阔的区域并解锁后续的剧情内容。有计划地获取并分配这些特殊技能，是每位训练家冒险策略中不可或缺的一环。
游戏早期的关键特殊技能之一是一字斩。获得这个技能需要你先抵达枯叶市，并登上停泊在港口的圣安奴号游轮。在船上找到船长室后，你会发现船长因为晕船而感到不适，上前与他对话并帮助他缓解症状，作为感谢，船长会将秘传机器01一字斩赠送给你。学习该技能需要你的宝可梦已经拥有来自华蓝市道馆的蓝色徽章，否则即使学会也无法在地图上使用。另一个早期必备技能是闪光术，它的获取有一个明确的前提条件，即你需要先收服至少十种不同种类的宝可梦。满足条件后，前往位于11号道路地鼠山洞出口附近或山木镇的研究所助手处对话，即可从他那里获得秘传机器05闪光。这个技能对于照亮像岩山隧道这样漆黑的洞穴至关重要。
剧情推进至紫堇市附近，你可以获得碎岩术与怪力术这一对关联技能。在紫堇市右下角的一间屋子内与NPC对话，可以获得碎岩的秘传机器。你需要挑战并击败紫堇市的电系道馆，拿到相应的徽章以激活碎岩术的使用权限。之后前往绿萌镇，进入卡绿隧道，使用碎岩术打碎挡住一对NPC的岩石，作为答谢，其中的男性NPC会将秘传机器04怪力术赠送给你，该技能可用于推动地图上的巨大岩石。另一个改变移动效率的重要技能是飞翔。在完成彩虹市的部分剧情，例如从一位老奶奶那里获得重要道具茶你可以砍断城市左侧道路的小树继续前进，在一间屋子里与一位小女孩对话，她便会将秘传机器02飞翔赠予你，这能让你快速返回任何去过的城镇。
这些技能的获取往往与道馆徽章紧密绑定，只有获得了相应的徽章，技能才能被用于野外探索。同时需要秘传技能一旦被宝可梦学会，就无法像普通技能机器那样轻易遗忘或替换，因此你需要慎重决定由哪只宝可梦来学习这些技能，合理的分配能够避免在后期战斗中陷入被动。了解并规划好这些特殊技能的获取路径与使用策略，将使你的关都地区冒险更加顺畅且富有规划性。
