蘑菇战争2作为一款即时战略游戏，新手玩家首先需要明确其核心目标是占领地图上所有的中立建筑与敌方据点，并成功守住它们以取得胜利。游戏的基础操作包括从己方据点调兵遣将进行扩张，每个被占领的建筑都会持续生产蘑菇士兵，玩家可以通过建筑上方的气泡框查看可生产的士兵数量。出征时，可以通过屏幕左侧的百分比进度条（25%、50%、75%、100%）灵活选择从单个建筑派遣的士兵比例，这是进行兵力调配的基本操作。
掌握游戏的核心机制与建筑功能是策略执行的基础。地图上的建筑主要分为几种类型：普通的村落可以升级以提高防御力、士兵生产速度和容量，升级需要消耗建筑内相应的兵力；锻造铺（或称铁匠铺）能够提升我方所有士兵的攻击和防御属性，拥有的数量越多加成越高；炮塔会自动攻击进入射程的敌方行军士兵，拥有较高的防御力，但需注意锻造铺与炮塔自身无法生产士兵。了解地形和特殊建筑也至关重要，例如草地产兵速度会加倍，而荒地则完全不产兵，误占荒地会导致发展停滞；地图中可能还存在墓地、传送点等特殊建筑，其效果需要在游戏内的图书馆中提前熟悉。
精通几种高阶操作技巧能极大提升作战效率与微操水平。首先是指向多个目标的连续出兵操作：你可以用一根手指按住出兵建筑（A点）不放，再用另一根手指依次点击不同的目标建筑（B点、C点），从而实现从单一兵源向多个目标同时派兵，在开局阶段能有效加快扩张速度。其次是快速密集出兵技巧：当你需要将少量兵力快速投送至一个目标时，可先将出兵比例设为25%，然后按住出兵建筑，并用另一根手指快速、连续地点击目标建筑，这样派出的士兵会以更密集的队形前进，缩短部队抵达间隔。最后是多点集结出兵操作：用三根手指点击屏幕空白处，然后用一根手指划过你希望出兵的所有己方建筑，最后将手指停留在目标建筑上松开，即可实现从多个建筑向同一目标集结出兵，此操作可与前述技巧结合使用。
合理的开局策略与资源管理意识是奠定胜局的关键。游戏开局时，应优先占领或建造能提供资源增益的建筑，例如能增加武器值产出的溶铁炉，因为建造一级增益建筑通常不消耗资源，能为后续持续产兵提供保障。不要在一开始就急于将有限的武器值用于生产少量士兵，建议积攒资源，直到能够一次性生产包括近战、远程在内的组合部队时再行动。士兵的召唤顺序通常建议为先近战单位后远程单位。对于炸弹等冷却时间极长的特殊技能，务必谨慎使用，将其保留在关键时刻以扭转战局或实现关键突破。
